Berikut adalah Struktur Manajemen Markaz Ilmu:
- Pembina: Al-Ustadz Abu Umar Andri Maadsa
- Pengawas: Al-Akh Abu Abdil Aziz Wahyu Mulya
- Manajer Umum (GM): Al-Akh Abu Zubair Asep Taufik Hidayat
- Manajer Keuangan: Al-Akh Abu Aisyah Chaerul Abdillah
- Manajer SDM & Humas: Al-Akh Abu Jarir Yopi Nur Saepul Rohman
- Wakil: Al-Akh Abu Umar Muhammad Harish Matin
- Manajer Media dan Marketing: Al-Akh Abu Reghan Aristyo Gumilar
- Wakil: Al-Akh Abu Ubaydillah Muhammad Fariz Ferdian
- Manajer Event dan Kajian: Al-Akh Abu Khalid Agung Teguh Widodo
- Wakil: Al-Akh Abu Abbad Arsa Ramadhan Nugraha Aji